Se denomina desechos orgánicos a todos aquellos elementos provenientes de seres vivos que deban eliminarse. En tanto están expuestos a un proceso de descomposición, este tipo de desechos debe recibir un tratamiento especial pues pueden ser portadores de enfermedades o al menos contaminar el ambiente de modo notorio. Pueden incluirse en este grupo cualquier desecho propio de los seres vivos, ya sean de índole animal como vegetal.
Los desechos orgánicos deben ser identificados como tales mientras se transporten en el seno de la sociedad. Esta circunstancia ayuda para que se eviten riegos innecesarios en su manejo. En el caso de los hospitales, los desechos orgánicos suelen ser quemados como medida de prevención por su alto nivel de peligrosidad. Una vez que se neutralizan, los desechos suelen ser depositados en basurales a cielo abierto en las afueras de la ciudad.
En algunos casos, los desechos orgánicos pueden reutilizarse a efectos de obtener algún tipo de beneficio de ellos. Una de las formas de realizar esta tarea consiste en utilizar algunas de sus clases como abono para el cultivo de vegetales, generando tierra rica en nutrientes a partir de un tratamiento sencillo de llevar a cabo. Otro tipo de tratamiento puede ser el de generar gas para utilizarse como energía; así, la descomposición de los desechos orgánicos bajo determinadas circunstancias genera el denominado gas de los pantanos, que se caracteriza por su capacidad de combustión. En algunos casos de desechos específicos, también pueden utilizarse para alimentar a determinado tipo de animales.
Los desechos orgánicos suelen ser elementos que de tratarse de mala manera, son capaces de generar cantidades de contaminación importantes. En este sentido y para ejemplificar lo expuesto, puede ser interesante dar cuenta del modo en que un curso de agua puede verse afectado por la contaminación causada por este tipo de desechos. Cuando elementos provenientes de organismos toman contacto con medios acuáticos, el proceso de fermentación sigue su curso del mismo modo que en un ámbito terrestre, con la salvedad de que en etas circunstancias se consume el oxígeno que existe en el agua. En efecto, las bacterias descomponedores consumen oxígeno cuando realizan su actividad, por lo que si el nivel de contaminación es muy alto la vida acuática se verá afectada con la muerte de distintos organismos que allí habitan. En el caso de que su deposición final se lleve a cabo en la tierra, siempre estará presente la contaminación de las napas subterráneas. Es por ello que es sumamente importante controlarlos con efectividad.