El fútbol mexicano tiene en la figura de Rafa uno de sus jugadores más representativos y además portador de varios récords personales.
Es el segundo futbolista de su origen que participó de cinco mundiales: Corea/Japón 2002, Alemania 2006, Sudáfrica 2010, Brasil 2014, y Rusia 2018, y el cuarto que lo logró a nivel mundial después de su compatriota Tota Carbajal, el alemán Lothar Matthäus, y el italiano Buffon
Por otro lado, fue el que más veces usó la cinta de capitán, uno de los goleadores históricos del «Tri», y se consagró campeón de: las Copas Oro en el 2003 y el 2011, de la Copa Concacaf en el 2015, y de la Copa Confederaciones en 1999.
Nacido en Zamora el 13 de febrero del año 1979, ha hecho una carrera meteórica y super exitosa jugando para las mejores ligas del mundo.
Debutó a mediados de los años noventa en el club mexicano Atlas y luego se consagró internacionalmente en el Mónaco y el Barcelona
Tras dejar el club catalán pasó por varios planteles: New York Red Bulls de la Major League Soccer, Club León mexicano, y el Hellas Verona de Italia.
En abril de 2018 se retiró del fútbol mexicano jugando para el Atlas
Lamentablemente, el final de su trayectoria quedó salpicada por una gravísima acusación de ser presuntamente testaferro de un narcotraficante.
En agosto de 2017, el Departamento del Tesoro de Estados Unidos lo señaló como un presunto presta nombres del narcotraficante Rafael Flores
La justicia norteamericana suspendió su visa y congeló sus cuentas bancarias en Estados Unidos.
La noticia cayó como una bomba en su país y en la vida profesional de Márquez que no solamente dejó de jugar por un tiempo para dedicarse por completo a resolver la grave situación judicial que lo acechaba, sino que además perdió el acompañamiento de relevantes sponsors como Nike y Procter & Gamble.
La Federación mexicana decidió protegerlo y no lo desafilio, pero se acordó que el jugador no vista las marcas auspiciantes para evitar conflictos.
Aunque su situación no se aclaró totalmente, el técnico del seleccionado Juan Carlos Osorio jamás dudó en convocarlo para el mundial de Rusia 2018 ya que lo consideraba una pieza clave del equipo en sus aspiraciones
Si bien la selección mexicana llegó al mundial disputado en Rusia con muchas dudas y polémicas, a raíz de dicha denuncia contra Márquez, de las críticas a su técnico Osorio, y el desprolijo comportamiento personal de algunos futbolistas, tuvo un buen arranque que hizo pensar que llegaría lejos en el certamen.
Sin embargo, Brasil, le cortó el sueño mundialista a México y regresaron a casa con las manos vacías y sin su jugador más emblemático porque Márquez se despidió del fútbol tal como había anunciado al comienzo de la competencia
Entre 2001 y 2007 estuvo casado con la actriz Adriana Lavat con quien tuvo dos hijos, y desde 2011 está en pareja con la modelo y actriz Jaydy Michel.