El vocablo hereje está estrechamente relacionado con las religiones y su desarrollo histórico. Un hereje es un individuo que expresa su desacuerdo con respecto a una religión determinada o manifiesta su discrepancia en algún aspecto dogmático.
Normalmente, una religión tiene un cuerpo doctrinal, una iglesia y unos principios que son respetados por los creyentes. Cuando un miembro de la comunidad religiosa tiene una postura distinta a la oficial, esto provoca un debate. La visión crítica es analizada por representas religiosos, quienes determinan si el nuevo planteamiento puede ser aceptado o debe ser rechazado. Si es desestimado es catalogado como una herejía, es decir, una desviación de la correcta línea de pensamiento. Los individuos que defienden la postura heterodoxa son los herejes y pueden ser expulsados de la religión, perseguidos e incluso castigado severamente.
La Inquisición fue una institución católica y durante siglos mantuvo el control de cualquier posible desviación doctrinal. También la iglesia protestante tuvo su propia Inquisición. En ambos casos, los herejes eran sancionados con rigor, pues se consideraba que sus propuestas representaban un peligro.
Las propuestas de Galileo en relación con la imagen del Universo, fueron consideradas heréticas por parte del catolicismo. El calvinismo entendió que Miguel Servet era un hereje y lo condenó a morir en la hoguera porque había cuestionado el dogma de la Trinidad.
La historia de las herejías es tan antigua como las propias religiones. En el Mundo Antiguo, el Arrianismo se catalogó de herejía, pues negaba la naturaleza divina de Cristo. En la Edad Media, los albigenses fueron considerados herejes porque creían en dos dioses, uno del bien y otro que representaba el mal. El Donatismo fue otra postura herética, ya que aportó una valoración distinta del sacramento del bautismo.
La idea tradicional de herejía ya no está presente en nuestra cultura desde un punto de vista oficial y tampoco en el lenguaje corriente. Sin embargo, la esencia de la herejía continúa vigente. Toda persona que se desvía del pensamiento mayoritario se convierte en un individuo incómodo y, de alguna manera, es un hereje aunque no tenga esta denominación. Esta idea se ha puesto de manifiesto en la mayoría de regímenes totalitarios, en los que la figura del disidente tiene el mismo significado que los antiguos herejes.